De geschiedenis van de Sint-Jeroenskerk gaat terug naar de plek waar volgens de overlevering Sint-Jeroen in de 9e eeuw werd begraven. De middeleeuwse Jeroenskerk die daaruit ontstond werd tijdens de Reformatie in 1566 protestants en staat nu bekend als de Oude Jeroenskerk.
Omdat de katholieken hun kerk kwijt raakten, konden zij hun geloof lange tijd niet openbaar belijden. Pas in de tijd van Napoleon Bonaparte en zeker na de nieuwe grondwet van 1848 kregen zij die mogelijkheid weer. Op deze plek werd toen een waterstaatskerk gebouwd, die al snel te klein bleek toen Noordwijk in 1892 opnieuw een bedevaartplaats werd.
Daarom werd in de periode 1894–1926 een nieuwe, grotere kerk gebouwd, die in 1926 werd geopend. De huidige neogotische kerk, ontworpen door architect Molenaar, die ook het huidige gemeentehuis ontwierp, vormt daarmee het katholieke vervolg op dezelfde eeuwenoude Jeroen-traditie.